Duda retención 2009

Hola, Tengo una sl de la que soy administrador y tengo una asesoría
contratada, Mi pregunta es la siguiente en el programa que calcula de
retenciones de la aeat, meto mis ingresos del año 22500, mi situación
es la tres y me da un 12.22 de retenciones que es lo que me aplican en
esta nomina que me dan en mi asesoría, pero mi duda es si al meter los
datos deberían meter como gastos deducibles la cuota de autónomos que
soporto que son 2926 euros al año con lo que en vez de 12,22 me saldría
9,22 de retención, la duda es por que he visto que en la declaración
de la renta se mete como gasto deducible, pero por que no se mete a la
hora de calcular las retenciones, ¿esta bien echo así o deberían
meterlo? ¿O si se mete en la deducción de la retenciones de la nomina
no se mete en la declaración? Experto haberme explicado bien, muchas
gracias