Irpf 2008 erróneo!

Hola,
He detectado que en el 2008, la nómina del mes de junio de un trabajador se contabilizó mal, no contabilizando la retención de irpf, de esta manera cuando fueron a hacer el mod. 110 del 2º trimestre-2008 no se dieron cuenta y sólo cogieron la información del irpf de abril y mayo. ¿Podéis confirmarme si la forma de arreglarlo sería la siguiente?:
1º Hacer declaración complementaria del 2º trim-2008 por el importe de la retención que faltó por contabilizar en junio. (Supongo que tendremos que pagar intereses de demora, pero creo que siempre es mejor que hagamos antes complementaria antes que hacienda lo detecte y entonces nos sancione)
2º Por otras incidencias en la contabilidad, el 2008 aun no ha sido cerrado, así que no sé si debería contabilizar ese irpf en el mismo ejercicio, ¿o quizás mejor contabilizarlo en 2009 indicando a qué concepto y fecha corresponde?
Gracias por vuestra ayuda!