Injusticia AEAT con mi empresa

Paso a explicar un tema bochornoso que me ocurre con la AEAT, referico a una empresa para la que trabajo
Nos inician una comprobación limitada, tanto de IVA como de IS referidas al ejercicio 2007
06/08/2009: Recibimos notificación de resolución con liquidación provisional, por importe de 39.429,98 (crédito legalmente concedido, después de pasar una comprobación)FIRME
Esta comprobación produjo 'injustamente' un expediente sancionador por los siguientes importes y en las fechas que a continuación se indican:
*   23/04/2009: Recibimos ''acuerdo de iniciación y comunicación del tramite de audiecia de expediente sancionador. Sancion 1125 (una locura)
                        (El requerimiento ''supuestamente no atendido) era por el concepto IS 2007, y es cierto que formalmente, no se atendió en plazo, pero nos personamos en varias ocasiones para pedir instrucciones de como atenderlo) algo increíble
*   12/05/2009:Presentamos alegaciones
*   27/07/2009: Recibimos notificación de acuerdo de imposición de sancion por infraccion tributaria. Sancion 1125.00?.
                        (el requerimiento ''supuestamente no atendido) era por el concepto IS 2007
*  29/07/2009: Solicitamos la compensación de la sancion (1125)
*  28/08/2009: Presentamos ''recurso de reposicion''
*  30/09/2009: Recibimos acuerdo desestimatorio' y por lo tanto la perdida de la reduccion de sancion
*  02/03/2010: Recibimos exigencia de la reduccion practicada en el acuerdo de imposición de sancion 375?
* 17/03/2010: Solicitamos la compensación con creditos a n/favor (de los 375)
*  06/05/2010: Recibimos acuerdo denegatorio de la solicitud de compensación (de los   375)
*   06/05/2010: Recibimos comunicación de actuaciones de embargo (de los 375. El mismo dia que recibimos el acuerdo denegatorio, recibimos la comunicación de actuaciones de embargo) INCREIBLE
Todas las denegaciones, las motivan de la siguiente forma '' el crédito ofrecido en su solicitud de compensación no ha sido reconocido por el órgano competente al tiempo de dictarse el presente acuerdo''
*  06/05/2010: Recibimos acuerdo denegatorio de la solicitud de compensación de los 1125 (10 mese después de la solicitud de compensación)
Hablando con distintos departamentos de la AEAT, me dan un motivo más amplio. Como a la entidad se le abrió expediente de inspección (por cierto, un mes después del reconocimiento del crédito, 2 meses después de la solicitud de compensación ), por éste motivo los créditos se bloquean.
Haciendo un esfuerzo para entender todo esto, entiendo que denieguen la compensación de la perdida de la reducción de 375, ya que el expediente de inspección estaba abierto en el momento de la solicitud de ésta compensación. Lo que es injustificable es que teniendo un crédito de casi 40.000 euros legalmente concedido, denieguen una compensación solicitada hace 10 meses (¿la de 1125?).
* También hemos solicitado otras compensaciones de IVA que en ningún caso superan al crédito concedido y reconocido, que tampoco nos han admitido. Todas han sido denegadas por la misma motivación.
LO MÁS FUERTE ES QUE ESTA EMPRESA TIENE OTROS CRÉDITOS A SU FAVOR 'EN INSPECCIÓN AUN NO RESUELTA DE CASI 300.000 EUROS' que por mucho que regularice el actuario, y por mucho que su acta sea alta como para subir los honorarios de su nomina, no creo que se quede a cero¡
Espeor ayuda de algún experto que le indigne ésto tanto como a mi, y me pueda decir cómo actuar ante semejante injusticia.