¿Cómo hacer una declaración complementaria?

Hola, hace tres años que por motivos de venta y compra de una casa y problemas que me surgieron, llevo la declaración de la renta a un asesor para que me la haga, este año. Me salio a pagar, y al ver el recuadro de la cuenta vivienda, resulta que no había tenido en cuenta que tengo una cuenta vivienda, y facturas del arquitecto que desgravan para la vivienda habitual, me advirtió mi banco de ello, así que fui a decírselo al que me la hizo, que me cobro gastos de gestión por hacérmela, y me la hizo casi a ultima hora, lógico ya que es su trabajo, ya que me ha salido ha pagar, y resulta que con la cuenta vivienda, con los 9000 euros, me sale a devolver, y me ha dicho que "pasara" la factura y la rectificación a hacienda a "ver si me lo aceptan".
¿Mi pregunta es como no lo van a aceptar si es así? ¿Y por hacer la declaración complementaria tengo penalización? ¿Es decir me devuelven menos de lo que me tendrían que devolver? ¿Seria mejor que fuera yo a hacienda? Y si me penalizan, bueno esto ya es cosa mía tal vez pero quien me la hizo si la hizo mal tendría que correr el con los gastos que me supondrán a mi, ¿la mala gestión?
Muchas gracias