Impuesto de compra de vivienda

Hola
Hace 2 años compre una vivienda, no se por que si no entendí bien al abogado o que que no se pago el impuesto de compra venta, a parte de un tema raro ya que se lo compraba a unos familiares con unas herencias de por medio.El tema es que el año pasado me llego la carta de hacienda pidiendo ese dinero, cuando fui mi sorpresa fue mayúscula cuando me pdian 4000 euros por una casa de 36 m2, de la cual solo tengo derecho de vuelo, no de suelo. ¿Esta casa se me vendió por 50.000? Y tiene casi un sigo de antigüedad. Viendo que me parecía demasiado les dije que no podía ser. Ellos me explicaron que podía poner un recurso por el tema del derecho de vuelo, pero que tenia que pagar el impuesto y cuando llegaría la carta de pago podría poner el recurso. También me dijeron que podía pagar la cantidad que yo quisiera ya que era un autoliquidación. Decidí pagar la mitad, ¿2000?.
Hace unos meses me llego la carta pidiendo el resto con sus intereses, entonces puse la reclamación ya que en la carta hacien diferencia del suelo y del derecho de vuelo, después la sumaban y daba la cantidad que me pedían. En la reclamación puse que yo solo tendría que pagar lo que se me pedía por el derecho de vuelo, que no iba a pagar un impuesto por algo que no había comprado ya que el suelo es municipal.
El otro día me llego la carta con la respuesta, dándome la razón, ¿también vi que la cantidad que tendría que pagar es bastante menor que los 2000? Que pague. Pregunte si podía hacer una reclamación para recuperar la diferencia y me dijeron que seguramente no se me devolvería por tratarse de una autoliquidación y pagar lo que yo creí oportuno.
Me parece un poco trampa, ya que si pagas menos te reclaman la cantidad que falta pero si pagas de más no te lo devuelven.
Es posible reclamar esto.