¿Error en IVA y sanción de 3000?

¿A un familiar le reclaman más de 3000? Por los errores en las declaraciones trimestrales de IVA del año 2009. Este familiar es aparejador; trabaja en exclusividad para una empresa a la que emite cada mes la misma factura por Servicios Profesionales. No puede justificar el IVA Soportado ya que, en una mudanza, perdió la caja con todas las facturas y extractos bancarios.
Tras llegarle la notificación de Hacienda con la Propuesta de Liquidación, ha firmado el consentimiento del pago. Después de hablar con su Administración se ha dado cuenta de que cada trimestre ha ido acumulando los IVAs Repercutido y Soportado, cosa que ha hecho siempre porque pensaba que el Resultado del 4T debía coincidir con el total anual.
De manera que, si mi familiar hiciera bien sus declaraciones de IVA y pagara el IVA Devengado, ¿incluso considerando un IVA Soportado de 0?, ¿El importe a pagar no llegaría a los 1000?, ¿Frente a los 3.000? Que le exige Hacienda.
Mi pregunta es: ¿Cabe la posibilidad de que Hacienda no admita la corrección de las liquidaciones cuando ello suponga un beneficio para el contribuyente? ¿Se puede presentar una carta de alegaciones a pesar de que se haya firmado ya el acuerdo del pago?