¿Hay reducción fiscal del 40% por atrasos?

En el 2005 pusimos una demanda colectiva (unos 20
trabajadores) al hospital donde trabajábamos por el pecio de las horas de
guardia, ya que no se nos pagaba de acuerdo a la ley.
El 18/02/2013 tuvimos el “Acta de conciliación” previa al
juicio donde la empresa accede a pagar las cantidades reclamadas, por el
período 2005 a 2011.
La forma de pago acordada es en 3 pagos (20/06/13, 20/12/13 y 20/06/14).
Yo dejé la empresa en septiembre del 2006, con lo cual en el mi caso las cantidades percibidas corresponde desde enero del 2005 a septiembre
del 2006.
He estado leyendo los artículos que hacen referencia a este tipo de pagos, en los cuales hay supuestos en que se podría hacer una reducción del 40% cunado son rendimientos generados en más de 2 años, o en caso de pagos fraccionados (como es mi caso), en función del cociente entre los años de generación y el fraccionamiento.
Además en la hoja de retenciones del 2013 que me ha enviado la empresa, no consta como atrasos o cualquier otro concepto sino como ingresos del ejercicio.
La duda es como tengo que hacer el trato fiscal de estos
rendimientos del trabajo, ya que al no estar ya en la empresa sólo me han
retenido un 2%. ¿Tienen que aplicar la retención en función de mi IRPF actual?
¿No hay ningún trato especial para estos atrasos?

Gracias, Carles González Serra