Recurso de reposición

Solicité la rectificación de una autoliquidación de IVA y devolución de ingreso indebido por dos conceptos y en dos escritos distintos:
1- Porque incluí el IVA de un crédito incobrable
2- Porque por error intenté hacer una complementaria que no procedía y di la orden de pagar desde la oficina virtual de mi banco
Me ha llegado notificación de que se desestiman ambas por el mismo motivo: porque no he aportado el libro registro de facturas.
No sé si es mejor presentar un recurso de reposición (aportando los libros) o una reclamación económico-administrativa.
¿O se puede no reclamar y volver desde el principio a reclamar por una parte la autoliquidación y por otra el error del ingreso 2, o reclamarlo todo en un mismo escrito? Lo digo más que nada por ver lo que va más rápido.
Espero que no haya quedado muy enrevesado, gracias.