Flujo Marrón en la Menstruación

Buenas, te comento mi situación, el mes pasado a mi novia le tendría que haber venido, (7 de junio), en efecto dos días antes le bajo un pequeño flujo de color marrón y con olor, luego de eso no le volvió a bajar, por las dudas decidimos no tener relaciones y a los 15 días, es decir el 18 y 20 de junio se realizo dos exámenes caseros de embarazo, de distintas marcas y lo hizo con la primera orina de la mañana, los dos resultaron negativos.
Calculando a ella le tendría que venir el 6 de julio, y hoy ( 1) me comento que le volvió a bajar un pequeño flujo marrón con olor.
Ella hace 11 meses que toma pastillas anticonceptivas, todas a la misma hora y todos los días y nunca hemos tenido problemas, ¿puede qué ese flujo marrón se deba a una infección o a un embarazo?
Saludos