Funduplicatura y Barrett

Vamos a ir por partes.
Primero, ten en cuenta que una fundusplicatura de Niessen es la mejor opción quirúrgica para tratar una hernia de hiato, pero no es infalible. Los resultados con esta operación son muy buenos por lo general, pero en ocasiones tardan en aparecer o no son tan espectaculares como cabría esperar.
En segundo lugar el esófago de Barret es una enfermedad crónica, pero eso no significa que no se cure. Significa que es una enfermedad que evoluciona a lo largo de muchos años y que acompaña al paciente durante largo tiempo, no que vaya a estar ahí siempre.
Las células de Barret son una Metaplasia. Te explico lo que es esto: una metaplasia consiste en el cambio de un tejido por otro ante una agresión que el tejido original no es capaz de soportar. Es decir, tú tenías en tu esófago las células normales que tiene todo el mundo, pero al cabo de los años de estar soportando la alta acidez del reflujo, éstas células fueron cambiando hasta convertirse en otras, que son más resistentes ante el reflujo, pero que realizan peor las funciones de las células esofágicas normales. Así pues, si tienes una hernia de hiato (que provoca un reflujo tremendo) y un esófago de Barret fruto de este reflujo, es lógico pensar que el mejor tratamiento sea eliminar la hernia. Cuando dejan de soportar el reflujo las células del esófago pueden volver a la normalidad (ésta es una característica de todas las metaplasias), lo cual tarda un tiempo en ocurrir. El problema está en que esas células metaplásicas sigan sufriendo cambios y se conviertan en células displásicas. Éstas ya no vuelven a su estado normal y además tienen un gran riesgo de malignizarse. Por eso hay que controlar tanto y tener tanto cuidado con un esófago de Barret (es una enfermedad reversible, pero que si no se trata puede convertirse en otra irreversible y de consecuencias mucho peores).
El Omeprazol es el antiácido más potente que existe en la actualidad, ya que funciona impidiendo que las células del estómago fabriquen los ácidos. Su uso en tu caso tiene mucho sentido a mi parecer. Posiblemente a estas alturas tu cirujano esperaba una remisión del Barret mayor de la que presentas y eso puede significar que la operación no fue 100% efectiva y que sigues teniendo cierto grado de reflujo aunque tú no notes acidez. En este caso, para proteger tu esófago lo mejor que hay es el Omeprazol sin lugar a dudas, y si todo va bien esas células de Barret deberían ir desapareciendo.
En cuanto a si hay tratamientos alternativos, se puede decir que sí, pero todos se basan en los mismos principios. Hay otras intervenciones que se pueden usar para corregir una hernia de hiato y existen más antiácidos, pero la fundusplicatura de Niessen es la mejor operación y el Omeprazol es el mejor antiácido. No existe nada que elimine directamente el esófago de Barret, sólo estas medidas dirigidas a eliminar el reflujo y la acidez.
En cualquier caso el que mejor sabe como está tu esófago ahora mismo es tu cirujano. Él te podrá decir exactamente en que punto está el Barret, y si está evolucionando normalmente, más lento de lo que debería o si simplemente no está mejorando. También te podrá decir hacia donde va a encaminar tu tratamiento y porqué, aunque en principio lo que está haciendo es totalmente correcto y es prácticamente lo único que se puede hacer.
Espero haberte sido de ayuda, si te queda alguna duda ya sabes donde encontrarme.