Perdida de historial médico

Antes de nada, le doy las gracias de antemano por su respuesta. Le cuento:
Mi novio tiene 29 años, y desde hace unos 4 años, más o menos, le dejaron de enviar la tarjeta sanitaria a casa, para sustituirla por la ya caducada.
En principio él supuso que se debía a que se había dado de alta como autónomo, y que tardaba más por esta causa, pero después de varios años sin tarjeta sanitaria, y como consecuencia, sin poder ir al médico (tampoco es que vaya mucho al médico de cabecera, pero sin tarjeta mucho menos), decidí acercarme yo a su centro de salud, ya que él no podía, a enterarme un poco que es lo que había pasado.
Me atendieron en la ventanilla de información, y la administrativa que había, y a la que le conté lo que pasaba (que no le habían enviado la tarjeta sanitaria desde hacía varios años) me pidió sus datos. Yo le entregué el DNI (de mi novio, se entiende) y sus datos fiscales, y ella miró en el ordenador, y me dijo que no existía ningún paciente con ese nombre en sus ficheros. A mi me sorprendió, porque mi novio es español y ha ido al mismo centro de salud desde que nació.
La solución (la única solución, mejor dicho) que me ofreció dicha administrativa, era que tenía que hacerle como nuevo paciente. Lo que hizo fue emitirle una tarjeta sanitaria como si nunca hubiese estado en el sistema de la Seguridad Social, ya que de las opciones que hay (cambio afiliación, error de los datos, extravío) la opción que ella me puso fue "Emisión inicial".
Bien yo le pregunté que si lo hacía de esta manera, ¿el historial médico de mi novio empezaría de cero?, ¿Entonces qué pasaba con sus datos médicos anteriores? A lo que me contestó que si no estaba en su base de datos como paciente, o bien no existía (cosa que no era el caso) o se había extraviado.
Añado que mi novio ha sido intervenido quirúrgicamente dos veces cuando era pequeño, además de otros asuntos de relevancia médica, que supongo estaría todo en su historial médico, pero claro, si se ha perdido, ¿qué se puede hacer?, ¿Cómo recuperar todos esos datos?.
Mi pregunta es si se puede hacer algo para recuperar ese historial médico, o nos tenemos que aguantar con la solución que nos han dado.
Como dato añadido, vivimos en Castilla - La Mancha (SESCAM).