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En base a mi experiencia te puedo decir que desde sql se pueden exportar datos a texto, no se si es eso lo que quieres obtener cuando te refieres a archivos planos.
La forma de hacerlo es con DTS, es bastante sencillo, con los asistentes.
En cuanto a la realización de un stored procedure que dure más de diez minutos, supongo que es posible subiendo el tiempo de espera en el administrador corporativo de sql, pero creo que el problema no se soluciona de esta forma. Algo esta fallando en la estructura de tu base de datos, en la de tus tablas, o en el análisis funcional de tu aplicación, ya que un proceso que dure más de 10 minutos es algo muy gordo.
En cuanto a guardar los datos de un arreglo en un procedimiento, es bastante fácil, copia el código del procedimiento, crea un nuevo procedimiento y lo pegas, y a continuación lo llamas de forma diferente, a continuación arregla lo que quieras en el procedimiento antiguo y todo ha quedado guardado, lo nuevo y lo viejo.

¿Podrías explicarme un poco más sobre como hacerlo con DTS..?
Y lo del proceso que dura 10 minutos, es pasa con otro tipo de programación y lo estamos cambiando a SQL, lo que pasa es que hace varias operaciones, entre inserciones y actualizaciones.
Gracias...