Access se come los registros

Hola. Te paso a contar cual es mi problema.
Tengo una aplicación hecha en Access en la que por un lado están los datos y en otra BD los objetos (formularios, consultas, etc)
La BD de datos está en el servidor de la empresa y la que contiene los objetos en modo local en cada máquina.
La BD es bastante compleja, pues almacena expedientes de tramitación y cada uno de ellos puede tener una serie de cosas colgando, por ejemplo el expediente puede tener subexpedientes de tramitación, informes de no conformidades, revisiones, etc.
El diseño fue fácil, puesto que era enlazr los campos ID y crear los formularios.
La aplicación funciona correctamente desde hace una año, ahora hay mettidos unos 500 expedientes con sus subexpedientes correspondientes, y parece que se ha vuelto loco, el tamaño de los datos apenas llega a 1,5 MB.
Cuando vamos a dar de alta un expediente parece que se come los ya existentes y los remplaza por los nuevos, es decir, creo un nuevo expediente y lo que hace es sutituirlo por uno que existía antes y lo borra.
¿Qué le pasa a la aplicación? ¿Cómo lo soluciono?
Gracias