¿Es correcto utilizar diferentes bases de datos mysql para un mismo proyecto? Necesito consejo

Estimado,,,, estoy iniciando a programar y me han solicitado trabajar en conjunto con otro programador, sin embargo no me convence mucho la idea de que me piden que el proyecto a desarrollar este en diferentes bases de datos pero con tablas relacionadas entre si, ya que todas las tablas están relacionadas directamente unas con otras en muchas partes de la aplicación de la lógica de negocio y dado este antecedente me preocupa el echo de usar bases de datos diferentes por cada modulo de la aplicación.

Me gustaría me aconsejaran sobre dicha decisión de trabajar así. Gracias. Saludotes.