Subir archivo PDF.

Para que entiendas como hacerlo hice un ejemplo sencillo con dos archivos.

subir.php -> sube el archivo

links.php -> muestra los links

En la misma carpeta que metes estos dos archivos crea una carpeta nueva que se llame pdf y dale permisos de escritura 777 (sino no funciona).

subir.php

<?
 if($_FILES['pdf']['tmp_name']!="" && $_FILES['pdf']['error']==0){
 //obtengo la extension de un archivo
 $aux=$_FILES['pdf']['name'];
  $extension=strtolower(array_pop(explode(".",$aux)));
  // si es pdf sigo sino le alerto al usuario.
  if($extension=="pdf"){ 
   move_uploaded_file($_FILES['pdf']['tmp_name'],"pdf/".str_replace(" ","_",$_FILES['pdf']['name']));
   $mensaje="El archivo fu&eacute; subido con &eacute;xito.";
  }else{
   $mensaje="El archivo que intenta subir no es un pdf, es un ".$extension;
  }
 }
?>
<h3>Subir un pdf</h3>
<form action='subir.php' method='POST' enctype="multipart/form-data">
  <input type='file' name='pdf'/>
  <input type='submit' value='Subir archivo'/>
</form>
<?
 echo $mensaje;
?>
<a href='links.php'>Ver listado</a>

links.php

<h3>Links</h3>
<ul>
<?
  foreach(glob("pdf/*.pdf") as $archivo){
   echo "<li><a href='".$archivo."'>".array_pop(explode("/",$archivo))."</a></li>";
 }
?>
</ul>
<a href='subir.php'>Subir un archivo</a>

Pruébalo y contame como te fue.