Problemas de discos duros

Buenas.
Mi caso es el siguiente.
Tengo un PIII 600 con 64 Mb de SDRAM (100). Un HD Maxtor de 14 Gigas, regrabadora y cd-rom. Bajo Windows 98.
Amplié mi pc con un HD (Seagate st340810) de 40G y dos tarjetas de SDRAM de 256 Mb (100).
El Maxtor es "type 46" y es el que tiene el SO.
El Seagate es "type 80" y sólo es un almacén.
Ambos (LBA) están como "Master". Uno tiene el cd-rom como "Slave" y el otro una regrabadora.
El problema no es grave pero si desquiciante.
Cada 1 ó 2 minutos, el pc tiene... Como una pequeña congestión o bloqueo de un par de segundos y después vuelve a lo suyo tan ricamente. Incluso justo después de arrancar y sin ejecutar ningún programa.
Hice scandisk a ambos HD y no tienen defectos. Usé una utilidad de seagate para comprobar su estado e igual.
También comprobé posibles fallos de RAM (no me da pantallazos azules) forzando el equipo con el 3DMark2001 y no se colgó (pero si dio una puntuación baja 409 frente a 700 de otro equipo similar -Nvidia Riva TNT2). Lo comprobé sólo con 256 de RAM y me dio la misma puntuación.
Otro síntoma es que al intentar copiar un archivo grande de uno a otro, se queda congestionado diez segundos y "funciona" dos segundos, con lo que me veo obligado a reiniciar.
He actualizado los controladores de todo el hardware, el software -incluido windows- ... Todo lo que cabía en mi mano.
¿Qué sucede?
¿Es la RAM (la placa base -qdi-lo admite en las especificaciones y el pc funciona)?
¿Es posible que al ser el seagate más rápido me produzca ese error?
¿Podría solucionarlo poniéndole como principal y el Maxtor como secundario?
¿Será cuestión de poner también el más lento como "Slave"?
¿Puedo "intercambiarles" de alguna manera o he de formatearles y perder la información?
¿Es posible hacerlo con alguna herramienta que permita que no pierda información como Partition Magic?
De antemano les agradezco profundamente que le dediquen unas líneas a mi consulta.
ElJuli