Despliegue Weblogic EAR con referencias cruzadas

Tenemos una aplicación bastante grande que consta de varios proyectos dentro del eclipse, hay unos cuantos EJB, dos WAR, y alguna cosilla más. El tema es que hasta ahora NO desplegábamos la aplicación en un EAR y no teníamos ningún problema para que funcionase ya que aunque hubiera referencias cruzadas daba igual ya que teníamos una carpeta con todas las clases de los EJB pero ahora nos han pedido desplegarlo todo en un EAR, sin nada fuera, y lógicamente esa carpeta donde metíamos todas las clases ya no puede estar.
El problema que nos da es que al desplegar un EJB1, como utiliza clases de otro EJB2 que todavía no esta desplegado pues no lo encuentra y falla. Y si ponemos el otro EJB2 a desplegarlo antes pasa lo mismo ya que tienen una REFERENCIA CRUZADA con el EJB1.
Lo ideal seria hacerlo evitando estas referencias cruzadas pero ya es demasiado tarde ya que es una aplicación muy grande y con muchos EJBs. ¿Hay alguna forma de indicarle en algún fichero esas referencias cruzadas? En el application.xml, en el weblogic.xml, en el weblogic-application.xml, en el web.xml, en algún fichero dentro del ejb (weblogic-ejb-jar.xml, ejb-jar.xml, ...), en el manifest. ¿Mf?
¿Alguna idea? Estamos intentando crear un jar con esas clases separadas para que al desplegar no falle pero son muchísimas y hay que ir una a una encontrándola. Un trabajo de chinos.
Cualquier ayuda sera buena.