Carpeta %SystemDrive%

Por lo que te explicas, todo indica un serio problema del disco duro o de infección de virus. En ambos casos, lo primero: HAZ COPIA DE SEGURIDAD INMEDIATAMENTE ANTES QUE SEA TARDE, DE TODOS LOS DATOS DE INTERÉS DE TU DISCO.
En segundo lugar, utiliza alguna utilidad para verificar el disco: POr ejemplo, desde MI PC, puedes acceder a Herramientas y Comprobar disco. Te dirá que ahora no puede porque está en uso y te indicará que llevará a cabo esta acción la próxima vez que inicies el PC.
La comprobación del disco le llevará un buen rato. Ten paciencia y en ningún momento apagues el PC mientras lleva a cabo la comprobación, le cueste lo que le cueste.
Por otra parte, descárgate un antivirus autoarrancable como es el BitDefender Rescue Disk, es una imagen ISO. La quemas en un disco (es mejor hacer esto en otro ordenador) y arrancas tu ordenador desde el mismo. Te realizará un análisis completo de tu disco en busca de virus y lo limpiará.
Si después de todo esto, quedase el sistema inestable y no arranca, tendrás que reinstalar el sistema.

Hola! Y gracias por responder... ayer justamente pasé mi antivirus (AVAST) en nivel de escaneo minucioso, pero no encontró nada...
Intentaré con la solución que me decís y solo esperaré que mi PC no esté en las ultimas porque ahí si sería algo gravísimo por la cantidad e importancia de información del PC.
Gracias y cuando termine te informaré

Antes de seguir pasando antivirus, trata de salvar la información. Si no te deja entrar en Windows, existen versiones LiveCD de linux e incluso de XP que arrancan desde el CD, habilitan el disco duro y con paciencia, al menos, ir salvando los datos poco a poco a un llavero USB, un disco usb externo, etc.