Problema de caché

Hola, tengo una cuestión que me trae de cabeza, a ver si sabes darme alguna pista para llegar a una solución. Tengo un PC con dos discos duros, uno de 300GB en NTFS y otro de 160GB en FAT32, ambos IDE. El problema es que cuando reproduzco un archivo de vídeo desde el primer disco (NTFS), se ve a saltos. Si copio dicho archivo al segundo disco (FAT32) y lo reproduzco desde allí, se ve bien. Si formateo el disco NTFS en FAT32 también va bien. He probado a desfragmentar, a hacer distintas particiones, a reinstalar el Windows XP pero todo sin conseguir nada. Lo más gracioso del caso es que si voy a las propiedades del hardware y desactivo la caché de dicho disco el problema se corrige, pero claro, el rendimiento de la máquina cae en picado. Me gustaría conseguir hacerlo funcionar sin tener que renunciar al NTFS, ya que utilizo a menudo archivos mayores de 4Gb y me sería un problema grave. Con juegos he observado que ocurre lo mismo, mientras juegas no hay problema, pero en el momento en que hay alguna escena animada va a saltos. ¡Es desesperante!.
Los datos de la máquina son los siguientes:
Placa ASUS P4V8X-X rev 1.03
Procesador INTEL Pentium IV 3.00GHz
Memoria 2Gb DDR 400
Vídeo XFX Nvidia GeForce 6600
Audio Soundblaster Audigy
Maxtor 6L300R0 (300GB) en IDE Primario, Master (1)
ST3160021A (160GB) en IDE Primario, Slave (2)
DVDRAM LG GSA-4163B en IDE Secundario, Master
CD-RW LG GCE-8525B en IDE Secundario, Slave
(1) Dos particiones de 40GB y 260GB, ambas NTFS con Windows XP Prof. +SP2 y para datos respectivamente.
(2) Dos particiones de 80GB cada una, ambas FAT32 con Windows 98SE y para datos respectivamente.
Gracias anticipadas por tu ayuda.