Mi equipo no se apaga se queda en el logo de WIN98

Que tal "LAPLAGA"
Equipos.
* Acer power series (2)"las que distribuye TELMEX
* Compaq
* Red windows
Mi problema es el siguiente.
Tengo una red con tres equipos, los cuales se infectario de virus, este virus no lo pude quitar con ninguna vacuna, por esta razón tuve que formatear los equipos. En otras ocasiones que se había dañado windows lo había restaurado manualmente, es decir, no con el CD de restauración.
Esta vez las instale con los CD´s de restauración, pero el problema que tengo es que cuando se apagan los equipos queda el logo de windows donde dice "CERRANDO WINDOWS" y ahí se queda.
Y se tiene que apagar oprimiendo el botón por 3 segundos para poder apagarla, lo raro es que cuando se vuelve a prender el equipo no manda el scandisk.
Las veces anteriores que la instalación de windows 98 SE había sido manual no me había ocurrido esto. Espero me puedas ayudar a solucionar esto, o darme una explicación el porque sucedió esto.
Ojala te sirva los datos que te estoy dando, cualquier cosa que necesites no dudes en preguntarme.
Gracias Espero respuesta.
Saludos