A ver, así como me lo cuentas no me queda muy claro cual es tu problema, pero estimo que, al marcar un numero de teléfono al realizar una llamada, utilizas la marcación inteligente, es decir, que buscas por las letras.
A ver, la configuración de Whatsapp se realiza a través del teclado genérico de Android, que es el mismo que se te ejecuta cuando vas a escribir un sms. Entonces, cuando vayas a escribir cualquier cosa, te aparecerá un teclado solo de letras. Pues bien, si lo que quieres insertar son números, deberás pulsar en éste mismo teclado que te aparece con las letras, una tecla que pone "12#". Si no la ves, esta abajo del todo a la derecha, junto a la tecla de Intro. Un a vez pulses esta tecla, verás como el teclado te cambia a numérico/simbológico. Una vez lo tengas así, inserta el numero de teléfono para la configuración. Para volver al teclado normal, veras que, donde ponia "12#", ahora pone "ABC", pues pulsa ahi y vuelves al teclado alfabético.
T9 es un tipo de dicionario de tu teléfono, normalmente podrás desactivar este tipo de diccionario desde Ajustes - Idioma y telcado, pero claro, esto depende de la versión Android que tengas.
Si no has entendido esto y no te quieres complicar la vida, descargate de Market la aplicación Swiftkey X Free, esta aplicación aplicará un teclado estandar y totalmente configurable en tu teléfono muy facil de utilizar.
Es lo que te puedo decir con los detalles que me das, si no estoy en lo correcto, o tienes dudas, consultame y lo solucionamos.