Tienes muchas dudas, y voy a intentar resolverlas lo mejor posible.
En primer lugar yo aconsejo siempre poner el suelo (tarima, gres, parquet...) antes de hacer los armarios.
Ahora te explico la manera de montar un armario empotrado con puertas correderas.
Lo primero es plantear el hueco donde vamos a montar el mueble, saber si el suelo está al mismo nivel que el resto o si hay algún desnivel o escalón, también debemos fijarnos en el acceso al interior del hueco si es a través de un marco y luego el habitáculo se ensancha o si el acceso es entre paredes o tabiques como parece ser el caso, otra cosa a tener en cuenta es ver las irregularidades en el hueco porque como parece que te ocurre puedes encontrar un cajón de obra, una cámara o una viga.
Todos estos factores hay que estudiarlos antes de iniciar la fabricación del mueble porque sin duda determinarán su estructura.
En las fotos que has colgado veo que estás trabajando en dos huecos diferentes.
En uno creo apreciar que hay un cajón de obra que te limita la parte superior derecha. Este elemento nos impedirá que las puertas correderas lleguen hasta el techo (aunque sí se podría hacer recortando la puerta y haciéndole el encaje pero esta solución no es muy estética para mi gusto). Lo aconsejable sería que las puertas correderas llegaran hasta ese saliente de obra. Y los muebles de encima que serán los que "cierren" a techo pueden llevar otras puertas independientes, correderas o no.
Piensa que las puertas correderas de los armarios habitualmente y a diferencia de las puertas correderas de paso, no suelen ir suspendidas o apoyadas en un marco superior, sino que el peso o la mayor parte del peso, de dichas puertas descansa sobre las guías inferiores.
Es decir, que la puerta corredera de un armario necesita un carril inferior y unos rodamientos que se moverán por este, y también un carril y rodamientos superiores pero cuya función principal es de guiado mas que soportar el peso de la puerta.
Hay muchas marcas y modelos de rodamientos y guías para hacer este tipo de puertas, y este es un punto que también hay que tener claro, junto con el estudio del hueco, antes de empezar a fabricar el armario.
Cuando ya tenemos claro el tipo de herraje que vamos a utilizar, has de tener en cuenta que lo mejor esque las guías inferiores y superiores de las puertas correderas vayan fijadas sobre el mismo armario y no en el suelo y el techo del hueco. Y que las puertas correderas deben limitar su apertura lateral también sobre el mismo mueble y no sobre una pared o tabique.
Todo esto también condiciona la fabricación del mueble. Porque nos permitirá conocer la medida de los muebles que van a ir en el hueco. Creo que en tu caso primero has hecho los muebles y luego te has planteado la manera de poner las puertas, y eso lo complica un poco. Lo ideal sería que pudieras desmontar los muebles y cortarlos o modificarlos cuando conozcas el espacio que te robará la estructura de las puertas.
Un sistema que se suele utilizar es hacer 1 carcasa grande (quiero decir el mueble sin contar el resto de elementos) que ocupe casi todo el ancho y alto del hueco, dándole algo menos y dejando un pequeño espacio, el cual dependerá del estado de las paredes, irregularidades, falsas escuadras etc... que después se cerrará con una regleta en pared y techo si fuera necesario. También se puede hacer una tarima de madera sobre la que descanse la carcasa para que no vaya directamente al suelo y después rematar con zócalo a juego de las puertas. Esta estructura puede ser necesaria mas que aconsejable con algunos tipos de herraje de puertas.
Si se utiliza este sistema, las divisiones horizontales y verticales del interior del mueble, como estantes o costados separadores, deben ir mas atrasadas que los laterales y el suelo y techo de la carcasa. Y han de tener menos profundidad en función del espacio que nos ocupen las puertas y sus guías en el interior del mueble. Ya que todo el sistema de puertas irá dentro de la carcasa.
Otro sistema sería montar carcasas mas pequeñas e independientes, como estás haciendo tu y luego unirlas. Si se hace de esta forma sí es necesario o recomendable hacer una tarima (una base hecha de listones unidos entre si sobre los que descansaran las carcasas) y darle mas salida que los muebles, de manera que sobre la misma se pueda colocar la guía de las correderas. Las partes vistas de dicha tarima deben rematarse con madera a juego con las puertas.
Luego es necesario en los laterales de los muebles poner costados a continuación de las carcasas, los cuales no es necesario ni recomendable que tengan demasiado fondo, sino el necesario para poder fijarlos de forma efectiva en los muebles. La función de los mismos es decorativa ya que sobre estos morirán las guías de las correderas y es donde harán el cierre las puertas.
Si sigues este sistema para montar los muebles primero debes descontar del ancho del hueco, el grosor de los costados y unos milímetros mas, esto en función de como estén las paredes, luego para la altura habría que descontar lo que le darás a la tarima y un cierto margen a techo para facilitar la colocación de los muebles que luego pueden cerrarse con un zocalillo. Y también para la altura hay que descontar una galería superior, que será como un costado en la parte superior de los muebles dispuesto horizontalmente y que morirá en los dos verticales de lado y lado del mueble. De esta manera conseguirás un mueble con puertas correderas y enmarcado en todo el perímetro de las puertas.
Por último, debes de tener en cuenta que para hacer un mueble de puertas correderas, este debe de llevar almenos dos. Y que las puertas corren una detrás de la otra. Esto lo digo porque para hacer este tipo de armarios es recomendable que el ancho del hueco sea razonable, porque de lo contrario las hojas quedarán visualmente muy estrechas y el trabajo de los herrajes no será tan bueno ya que el centro de gravedad queda mas alto y al correrlas es mas fácil que se traben y no vayan tan finas.