Jose, la pregunta es tan sencilla como la respuesta: las vacaciones por días naturales se cuentan desde el día que te deberías incorporar al puesto (y, por estar de vacaciones, no apareces) hasta el día que sí que apareces.
En los ejemplos que pones:
Del 2 al 6 de Enero: el día 2 es viernes y deberías "aparecer" en el trabajo. Como no vas, por estar de vacaciones, se cuenta hasta el día que SÍ vas, es decir, son vacaciones los días 2,3,4,5 y 6. El 7 apareces a trabajar.
Vacaciones un lunes: mismo criterio, el viernes sales de trabajar y deberías aparecer de nuevo allí el lunes, ¿no? Pues como el lunes no vas, se cuenta el lunes como día de vacaciones.
Una cosa que debes tener en cuenta es que algunos convenios dan normas de la forma de coger vacaciones. Por ejemplo, "nunca empezaran las vacaciones en viernes", esta norma es muy típica para evitar que te hagan empezar las vacaciones en viernes y así "comerte" 3 días (por el sabado y domingo) en un plis-plas.