Es un poco más complejo, pero es un matiz que has de tener en cuenta.
Nunca el gobierno, y menos en un escrito, admitirá una situación irregular, por lo que en las normas el planteamiento es, entras en España legalmente, y presentas tu solicitud antes de expirar ese plazo, dado que así extiende tu situación legal, hasta disponer del permiso de residencia, de esta manera todo queda dentro de un marco legal.
Tu caso es atípico, o así debería serlo, dado que en situación irregular, se debería tramitar un expediente de expulsión. El problema radica, en que si tu aportas tu matrimonio, aunque estés en una situación irregular, pesa más tu condición de familiar de ciudadano de la unión, por lo que una expulsión no tendría sentido, a no ser que no se cumplan los requisitos de que pueda mantener tu pareja la unidad familiar.
Ya se que es complejo, pero nunca verás una norma escrita de una situación irregular, solo interpretación de la ley, por lo que, de buena fé, y si estáis casados, da más peso a regularizar esta situación, de forma positiva.
En mi caso me casé en origen, y tuve que cambiar mi objetivo del viaje a uno definido que era el matrimonio, no me obligaron a salir del país, solicitar el visado y volver a entrar, solo expedir el visado.