Con tan poca información tengo que suponer muchísimas cosas para darte una solución y seguro que en alguna de las suposiciones me equivoco, pero ahí va:
Para empezar lo primero seria pasar un antivirus desde un CD de arranque, creo que bitdefender tiene uno gratis en su página.
Una vez quitado el virus intenta arrancar desde un CD de windows y formatea desde ahí.
Si no te dejase puedes bajarte un windows live CD que es un CD de arranque windows y también el programa "low level format HDD" de la página "hdd guru" y te debería de dejar formatearlo.
Si tampoco te deja tendrás que meter ese disco duro como secundario en otro PC y pasar el "low level format HDD" o buscar el firmware del disco duro en la página del fabricante y volver a cargarlo.