Pues mira, podrian ser muchas causas, como las alteraciones en la menstruación. A veces, el flujo marrón son las células que el útero no pudo expulsar en la menstruación.
Tendria que saber cuando debio llegar tu periodo exactamente y cuantos dias tienes de retraso, a veces sucede que antes de llegar tu periodo se empiece unos dias con flujo marron.
Tambien una causa puede ser el embarazo. Si cuando te toca la menstruación, en vez del sangrado normal, se presenta un flujo marrón, puede ser indicativo de que estás embarazada. Aunque si el flujo marrón aparece después de la menstruación, es simplemente un resto de sangre que no pudo salir en su momento.
Pero no debes alarmarte, solo es una teoria.
El metodo anticonceptivo es altamente confiable, tambien puede ser que este flujo sea algun efecto secundario de el.
Pero si quieres salir de duda lo mejor es que te hicieras una prueba, siempre y cuando ya tengas mas de una semana de retraso.