¿Puedes aconsejarme qué programa usar?

Si quieres gestionar tu HDD casi lo mejor es que lo hagas manualmente en vez de instalar programas que ocupan espacio y que al borrarlos siempre dejan basura y terminan dañando tu PC, solo tienes que abrir C:\ y en la barra de buscar pones *.* te apareceran todos los ficheros y los puedes ordenar por tamaño, carpetas, etc.

Para hacer una limpieza de archivos basura te recomiendo el CCLEANER aunque si te queda tan poco espacio libre puede que tengas dañada la tabla NTFS aunque también me extrañaría mucho que recién formateado te de ese fallo, pero puedes pasar el scandisk de windows para comprobarlo, tendrás que reiniciar el pc...

Si aun así quieres usar algún programa para el espacio del HDD puedes usar este:

http://acronis-disk-director-server.softonic.com/ 

y este otro manual tambien te puede venir bien:

http://www.pcactual.com/articulo/zona_practica/trucos/utilidades/gestion_de_discos_y_ficheros/3670/analiza_como_gastas_espacio_disco_duro.html 

Como siempre excelente Talaverano, gracias. Pues al final no he instalado ninguno porque comprobé tras escribirte que me estaba ocupando muchísimos gbs dos carpetas que ponen Windows.old, sé que son las cosas instaladas del previo y he tenido cuidado de no eliminar nada de valor, ahora tengo 293gb libres, espero haber hecho bien... el cccleaner es seguro supongo no? No me borrará nada de valor no?

Si tienes esa carpeta es porque instalaste windows encima de lo que ya tenias en vez de formatear desde 0, el CCLEANER solo borra archivos basura, cookies de los navegadores y soluciona errores en el registro de windows pero no borra nada importante

Muchísimas gracias Talaverano, lo utilizaré entonces. Sólo una cosa más, el disco de Windows me venía con una carpeta que pone Removewat para evitar ese mensaje de que Windows no es original, lo instalé pero olvidé por completo apagar las actualizaciones y me ha vuelto a salir ese mensaje. Le he dado a Removewat en Restorewat pero ya dandole de nuevo a Remowat no me funciona ya. ¿Existe alguna otra forma de eliminar ese mensaje? No desearía tenerlo que formatear de nuevo si Windows no me arranca algún día por ese mensaje... Muchas gracias!

Si te digo la verdad no lo he usado nunca, pero he encontrado estos manuales en google q te pueden ayudar:

http://www.todowindows7.com/index.php/trucos-de-windows-7/1155-como-eliminar-el-mensaje-esta-copia-de-windows-7-no-es-original-como-eliminar-el-mensaje-esta-copia-de-windows-7-no-es-original.html

http://es.ccm.net/forum/affich-1274005-como-sacar-windows-7-no-es-original 

http://melomontoyo.blogspot.com.es/2013/03/como-arreglar-windows-7-cuando-es.html