Duda tributacion con dos epigrafes distintos

No, no tiene nada que ver, a no ser que estés en módulos (Estimación Objetiva).

Cuota de autónomo pagarás una, y si estas en Estimación Directa, al estar en mismo régimen ambas, se declarará todo junto.

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En primer lugar indicar que la cuota de autónomo es solamente una, realices las actividades que realices.

En segundo lugar, en Hacienda, debes dar de alta tantos epígrafes del IAE como actividades realices, teniendo siempre en cuenta, que cada epígrafe tienes unas implicaciones (y obligaciones) fiscales. Obviamente, para cada actividad deberás llevar una contabilidad en la que reflejes los ingresos y los gastos.

Por ejemplo, para el presente año 2015, ambas actividades que mencionas podrían ir por estimación objetiva (módulos), pero para el próximo ejercicio, las actividades de construcción quedan excluidas del sistema de módulos y dada la incompatibilidad de regímenes, deberás tributar por ambas actividades en estimación directa simplificada, cosa que es muy poco rentable para muchas actividades, pero para el transporte en especial. Te recomendaría estudiar otras opciones para minimizar la carga fiscal.