A ver, puedes elegir entre un módulo o llevar contabilidad de las facturas emitidas, si haces el módulo, se hace una estimación objetiva que es lo que se supone que facturas, por lo que no tienes que declarar el IVA de los servicios que prestes, sino que se hace una estimación de IVA, por otra parte si ya has abierto la clínica ya deberías saberlo, una cosa es tienes una sociedad en cuyo caso estás obligada a hacer una estimación directa llevando la contabilidad, en caso de que no lo hagas a través de una empresa tienes la opción de ir a través de un módulo con estimación objetiva, que irá en función de metros del local kw contratados nº de trabajadores por cuenta ajena, nº de trabajadores no asalariados etc... pero todo esto lo eliges al darte de alta en el autónomo, por lo que me resulta extraño que ya estés desempeñando la actividad sin saber qué modelos has de presentar y si estás en estimación directa u objetiva o en régimen simplificado, etc...
Quien te lo puede decir a la perfección es tu asesor, es decir, la persona que te ha dado de alta en la Seguridad Social, ya que en el modelo del RETA aparece claramente.