Permisos de archivos en sistemas de archivos NTFS

Para estar más seguro sobre mi teoría, pensé hacer las siguiente consulta.

¿Las distros de linux se saltan las configuraciones de los permisos de archivos configurados por windows en un disco NTFS?

Consulto debido a que utilizando un software para backup, como estuve configurando los permisos de los archivos y para el usuario en el que había iniciado sesión denegué el acceso, no me resguardo los archivos y no me di cuenta.

Después de borrar los archivos y restaurar el backup, ya nada era accesible.

Por eso pregunto, para volver a evitar esta clase de problemas y asegurarme que el backup se realiza de foema correcta.