¿Si estas de baja y se firma un convenio colectivo en tu empresa,te afecta de alguna manera?

Si tienes una característica en tu contrato, que a posteriori el convenio colectivo empeora, te deben mantener las características de tu contrato, según el principio de la norma más favorable de las relaciones laborales. Y también, si el convenio mejora algunas características de tu contrato, deben reemplazarlas por las del convenio. Este es uno de los principios de las relaciones laborales. Defiende tus derechos.

A no ser que se "toque" algo respecto a los empleados de baja (siempre que esta sea laboral y no común); a no ser que se especifique algo concreto, te afectara como trabajador que eres de la misma, de todas formas en general afecta a los trabajadores en activo (salarialmente).