Es una situación compleja, ya que la extinción por renuncia de la trabajadora, sin estar por escrito, podría confundirse con un despido mal llevado a cabo.
Lo conveniente sería redactar una carta en la que se hagan constar los hechos y se le haga llegar a la trabajadora, comunicándole que, a petición suya quedará extinguida la relación laboral y se le dará de baja en la seguridad social.
Este trámite ha de estar bien redactado y adelantándose a posibles imprevistos, por lo que le recomiendo que se ponga en contacto con profesional del derecho laboral, para que no haya peores consecuencias. Son malas fechas para estas cosas.
Una vía no estrictamente procedimental sería llamar a la empleada y preguntarle si realmente quiere cesar la relación, para ir viendo su actitud por lo menos.
En caso de que diga que no, que en realidad quiere volver, recomendaría redactar una carta disciplinaria por abandono injustificado del puesto de trabajo.