Para hacer las cosas bien deberías hacer tres declaraciones complementarias.
- Una por el 3T quitando la factura incluida demás.
- Otra por el 4T añadiendo la factura anterior.
- Otra por el 390. Esta depende de cómo lo presentes que no lo sé. Pero si en el 390 están incluidos los resúmenes por trimestres también le tendrás que repetir.
El efecto impositivo es cero pero te pondrán una sanción por presentación fuera de plazo (creo que unos 75 euros por declaración).
Si no haces nada, el ingreso de IVA que hayas hecho es el correcto, pero si un inspector repara en la diferencia entre los trimestres podrías tener además de la multa por fuera de plazo una sanción (no sé de qué importe). Dependiendo del importe de la factura no sería difícil que un inspector se fijase en ella.
Otra cosa que puede haber ocurrido es que esa factura realmente perteneciera el tercer trimestre, el proveedor por lo que haya sido no te la ha hecho llegar a tiempo y tu la has contabilizado como factura pendiente de recibir. En este caso estaría bien en principio porque el devengo del IVA se ha producido en el tercer trimestre. Pero tienes que poder demostrar que esa factura pertenece a ese trimestre. (P. Ej. Una empresa de fabricación de cualquier cosa que ha recibido la mercancía pero la factura unos días más tarde y el trimestre ha cambiado.)