IRPF 2016. Invalidez permanente absoluta 100 % y casado en separación de bienes ¿Renta conjunta con mi mujer para aprovechar?

Mis padres han realizado en 2016 dos operaciones pero hay una que ha sido la venta de una vivienda que mi madre tenia procedente de una herencia. Mi padre no realiza la declaración de la renta ya que desde hace muchos años y judicialmente tiene reconocida una incapacidad permanente absoluta 100 %. He realizado la declaración de la renta y he comprobado que si la realizan conjuntamente, al marcar la casilla de minusvalía de mi padre y encontrarse exentas sus rentas y al ser mi madre ama de casa, los 600 euros que tendría que pagar mi madre por la ganancia patrimonial se quedarían exentos al realizar la declaración conjunta. Tengo varias preguntas:

¿Existe algún problema si mi padre no realizaba la declaración de la renta ya que por su minusvalía tenia las rentas exentas y ahora la realice para que mi madre se aproveche de no tener que pagar por la ganancia por la venta si la realizan en la modalidad de conjunta?

¿Existe algún problema en utilizar la modalidad de tributación conjunta si están casados en separación de bienes?

Ellos tienen miedo del hecho de que mi padre no tenia que realizar la declaración y ahora la realice por este hecho, y hacienda les de el follón.