Y disculpe. Con esta última pregunta he visto su respuesta de Julio del 17.
Sin estar muy ducho en el tema pero si tras leer bastante... le adjunto un link muy completo y muy actualizado. Se observa su caso.
http://www.cuestioneslaborales.es/las-recaidas-en-la-incapacidad-temporal/
https://www.grupomedicodurango.com/procedimiento-para-impugnar-el-alta-medica/
A tenor de lo leído creo se ve que pasados los 365 días mas los 180 mas que puede dar de baja temporal la Seguridad Social, si es dado de alta, (como es su caso), ud puede impugnarla en el plazo debido, que por ser de 545 días, (el máximo), hubiera sido en el plazo de 4 días desde la notificación. No obstante y tras no impugnarla e incorporarse al trabajo, si ahora tuviera una recaída, (que como ud bien expone no es una recaída sino una continuidad de la enfermedad), si podría coger la baja obviamente a nivel médico pero posiblemente no siendo reconocida como tal y no cobraría... y a la vez hasta podría poner en jaque su puesto de trabajo. Si hubieran pasado los 180 días nuevamente, si podría volver a coger esa baja y por el mismo motivo cobrando, (porque lo que empuja aquí la S.Social es el tener cotizados los 180 días en los últimos 5 años). O sea, para que pueda coger la baja por el mismo motivo o similar "cobrando", tendría que tener trabajados o cotizados 180 días. Si cogiera la baja por otro motivo... se sobreentiende que si podría, pero la duda que me origina es que desde que le dieron de alta sin aceptar el aprobarle el paso a I.Permanente se le supone haberse quedado a cero en días cotizados.. y por tanto si cobraría o no.
http://www.seg-social.es/Internet_1/Trabajadores/PrestacionesPension10935/Incapacidadtemporal/RegimenGeneral/Situacionesprotegid28363/index.htm
Como quiera que sea y llegado su caso extremo, compruebe si tiene derecho a asistencia gratuita o particular y exponga a un letrado especializado en S.Social los hechos y disponga cuantos informes médicos disponga por si pudiera emprender un contencioso con la administración. Esto no quita de pueda tener y seguir obteniendo certificados médicos de su dolencia que justifiquen su duración en el tiempo.