Vale, vamos por partes, como ya te decía cada comunidad tiene su ley del suelo, y cada ayuntamiento su planeamiento.
De forma general, la administración tiene un plazo para actuar para restablecer la legalidad urbanística, transcurrido dicho plazo, la edificación habría que declararla fuera de ordenación. Con la excepción hecha de las edificaciones en suelos con algún tipo de protección, donde por lo general no existe plazo para reponer la legalidad. Si me indicas comunidad autónoma y ayto, intento leer lo que dice la ley.
Como te digo el proceso no es automático, hay que iniciar un expediente de declaración de fuera de ordenación. Para ello, lo mejor es contratar un técnico, arquitecto o aparejador, que redacte la documentación.
Por otro lado, repito la casa solo incumple las normas urbanisticas. Hacienda la trataría como cualquier otro inmueble.
Hilando muy fino, muy fino, podría ocurrir que el inquilino adujese que la vivienda no cuenta con certificado de habitabilidad o licencia de primera ocupación para rescindir el contrato de alquiler, consúlta con un abogado, la mejor forma de reflejarlo en el contrato.