Si te refieres a ayudas estatales, dependiendo de qué tipo de ayuda sea, por lo general, no se cobran... Directamente se van descontando de lo que tengas que pagar y eres tu quien debe deducir esas cantidades en las declaraciones de IRPF.
Pero lo normal, es que los requisitos para las ayudas es que lleves como autónomo 6 meses o más. (En algunos casos, deberás estar 1 año). Por lo tanto, es aún pronto para poder solicitar el pago de estas ayudas, o deducirlo en las declaraciones que tengas que hacer.
Consulta con tu gestor y seguro que él sabrá qué plazos tienen las ayudas que te han sido concedidas y la forma de cobro. -Sin saber qué tipo de ayudas tienes concedidas, yo no puedo decirte mucho más.
Un saludo, y no olvides valorar mi respuesta si consideras que te he aclarado algo.