Las particiones en los dispositivos USB (pendrive) se pueden hacer usando muchos programas distintos en todos los sistemas operativos.
Aquí yo tengo varias dudas que aun sin saber la finalidad dependerá del sistema operativo que usas habitualmente.
Primero decir que no soy usuario de iOS o Apple, por lo que no te puedo dar información al respecto.
Windows10 no lo conozco muy bien. Jajajaja
En primer lugar windows puede hacer particiones con programas para tal efecto, pero no le gusta nada de nada leer particiones en un pen USB por lo que por defecto irá a la primera partición y la segunda la dará por oculta o sin acceso (con algún programa esto se evita)
En linux lo lees todo, lo ves todo y lo particionas todo.
Te pongo mi ejemplo. Yo tengo un pen USB de 32 Gb. La primera partición está en fat32 y tiene 15Gb lo uso como datos y tengo un liveusb para arrancar los pc. La segunda partición también está en fat32 y tego cosas varias de programas. *Linux* lo ve todo y acceso total, windows por defecto sólo ve la primera partición.
Creo que te he dado una pequeña idea de lo que ocurre con las particiones.
Sabiendo si usas habitualmente windows (programa partition magic) o liunx (programa gparted) podrás hacer tus particiones.
Lamentablemente no existe programas capaces de evitar que se borre una partición, solo la pestaña de las tarjetas sd.
Si necesitas algún dato más, avisa.