¿Cómo saber si es embarazo o son efectos de la pastilla del día después?

Pues el día 2 de agosto, tuve relaciones con mi novia y se nos rompió el condón. El día siguiente tomo la pastilla del día después.

Después de eso, ella ha tenido periodos bastantes irregulares, 15 días después de la pastilla tuvo sangrado de 5 días (que suponemos fue su periodo). Luego de un mes tuvo un sangrado de alrededor de 21 días, (Que al principio fue solo un flujo marrón y después tuvo 3 días de sangrado ya como periodo). Y ahora ella esta retrasada y tiene de vez en cuando mucho dolor en el estomago, sabe marearse fácilmente y un par de veces ha tenido nauseas.

También hicimos dos pruebas de embarazo una a los 43 días de que se rompió que salio negativa y una a los 87 (Es decir hace 3 días) que igual salio negativa. Y desde ese incidente ya no hemos tenido relaciones, salvo una vez que por suerte no ocurrió nada.

¿Todo esto puede ser efecto de la pastilla del día después en su organismo? ¿Los síntomas como las nauseas y demás cosas pueden ser por alguna alteración hormonal? ¿Las pruebas de embarazo de farmacia pueden presentar falsos negativos después de tanto tiempo?