Descuentos e impuestos en cada artículo o en el total de una factura

Que tal me gustaría saber si me pueden dar una mano, estoy desarrollando un sistema en el que se venden artículos que en algunos casos unos tendrán descuentos y otros no, por lo que si yo decido aplicar los descuentos en cada linea de detalle todo parece ir bien, pero mi duda aquí es en el total...

¿Que debo hacer con el campo que suele estar cerca del total como lo es Sub Total., Dto. %, Imp. % y Total.?

¿Será qué debo ignorar el campo de descuento que suele estar abajo, en el total y solo sacar la suma de los importes?

Lo mismo aplica para los impuestos y retenciones...

Parece ser mejor colocar el descuento, impuestos y todo lo necesario al final, en el total, pero hay ocasiones en que un 30% de descuento no debe porqué aplicarse a todos los artículos en la sección de detalle de la factura, estoy pensando en que los que si lleven descuentos y/o impuestos ya aplicados en cada artículo sean ignorados a la hora de re calcular los totales.