Manchas marrones en piscina cubierta climatizada con vaso recubierto con linner de 12,5x25 m

En una piscina cubierta climatizada aparecen alrededor de los impulsores de fondo unas manchas marrones que progresivamente se van extendiendo alrededor de ellos. Estas manchas solo la podemos retirar cuando la piscina está vacía con un desincrustante que contiene entre otros ngredientes: Entre el 5% y menos del 15%: Ácido Clorhídrico. Inferior al 5%: Ácido Fosfórico, Tensioactivos no iónicos y Tensioactivos catiónicos. Hemos revisado y retirado todos los elementos metálicos que pudieran estar en contacto con el agua, hemos analizado el agua y nos da positivo en algas, aunque el agua está tratada con alguicida de manera periódica y presenta un aspecto aceptable en cuanto a turbidez y color, los parámetros de CL, PH temperatura, etc. Están dentro de los valores que marca la normativa de la CAM, hemos realizado un tratamiento de choque con anti algas (40l) para intentar quitar las manchas. Dos semanas después las manchas no han salido y además tenemos unos terribles problemas de calidad del ambiente en la piscina que afecta a los usuarios de maneras varias y con diferentes intensidades (picor de ojos, irritación de garganta, y esporádicamente nauseas) y además se genera una película de espuma en la cara superior que no desaparece. La piscina se trata con hipoclorito sódico con un panel inyector alternándolo con unas bombonas que se cargan con pastillas de cloro sólido con otros componentes complementarios. No se si me podréis arrojar luz sobre este problema.