¿Como mejorar la flora intestinal de mi gatito?

Mi gatito tiene un año y dos meses. Hay ciertas comidas que no le caen bien, le daban diarrea, al ver esto siempre le suspendía y le daba pollo sancochado. La última vez que le callo mal una comida le suspendí y le puse pollo como siempre, no quiso comer en todo el dia. Al ver que tenía calentura llame al veterinario y le midió la temperatura tenía 39,5 le puso antibióticos por tres días seguidos en inyección, al cuarto día me indicó que vea su mejora. No mejoró, seguía con calentura y lo volví a llamar le puso dos inyecciones más un antibiótico y para bajar la fiebre. A todo esto, trate de darle pollo sancochado, no comio; carne sancochado, no comio; le cambie a otra comida en croquetas porque no quería comer otra cosa que no fuera alimento seco ( la que le callo mal fue MiMaskot y la cambie a Matisse adultos salmón y arroz), el veterinario me pidió que suspenda el alimento seco de nuevo ya que no mejoraba, le compre paté de hills a/d y por fin comió y se mejoró. Cambie su alimento seco a Hills problemas gastrointestinales, le ayudó un poco, pero después de varias semanas aún no veo que se recupera del todo, sus heces no tiene la solidez que debería. A todo esto le hice análisis de sangre, salió bien; le hice ecografias, salió bien; análisis de orina, salió bien. Lo único que salió en sus heces es una bacteria y el veterinario me dijo que con las inyecciones debería estar mejor, pero no mejor una mejora completa, solo parcial y me preocupa porque ya debería estar mejor. Entonces quisiera saber que le podría dar para que mejore su flora intestinal y que lo ayude.