Suponiendo que se trata de algas, como te indica rociory habría que dar un choque de lejía apta para la desinfección de agua o hipoclorito sódico más concentrado. Lo que puede haber sucedido es que estuvieses midiendo cloro total en lugar de cloro libre y pensaras que tenias suficiente cloro para desinfectar el agua cuando era todo lo contrario y por ello han aparecido las algas. Lo importante a medir es el cloro libre y se mide con reactivo DPD1. Aquí te explican la diferencia entre cloro libre, cloro combinado (cloraminas) y cloro total.
http://www.hablemosdepiscinas.com/foro/viewtopic.php?f=9&t=649
Para dar un choque de lejía apta para la desinfección de agua o hopoclorito sódico más concentrado has de bajar previamente el PH entre 7 y 7,2 y ello es así porque la lejía o el hopoclorito sódico tienden a hacer subir el PH. En este enlace te explican paso a paso todo el procedimiento a seguir. No podrás bañarte en unos días, mientras el cloro libre no baje de 4-5 ppm.