Lo primero es hacerte con un medidor básico pues uno no siempre se puede fiar de la electrónica y esta bien revisar de vez en cuando los parámetros de la piscina. Es más, hay parámetros de la piscina como la alcalinidad, la dureza cálcica o, en su caso, el ácido isocianúrico, que tu controlador automático no va a medir.
https://www.aqmatic.com/analisis-quimico/-kit-taylor-k-1005-38.html
O cuando menos alguno de estos otros:
https://www.aqmatic.com/analisis-quimico/-taylor-test-de-cloro-y-ph-taylor-k-1001-40.html
https://www.aqmatic.com/cloro-bromo/-tiras-multiparametro-lamotte-51.html
Sin medir los parametros más básicos como PH y cloro libre, difícilmente se puede saber en que estado esta el agua.
¿Tienes mucho arbolado o flores en los alrededores de la piscina? ¿Podría tratarse de polen? ¿Cuánto tiempo pones la depuradora cada día? ¿De qué capacidad es la piscina? ¿Con qué producto estas clorando mientras no tienes el equipo reparado? A ver si me puedes responder a estas preguntas.
Intenta frotar con aguafuerte muy diluida en agua a ver si te salen las manchas de las paredes.
Siempre podrías darle a la piscina un choque de cloro con lejía apta para la desinfección de agua o hipoclorito sódico más concentrado a ver si puedes eliminar la suciedad