Como hacer las facturas de autopromoción al matrimonio en separación de bienes

Yo y mi mujer queremos construir una vivienda en autopromoción. En la declaración de obra nueva, pondríamos que el porcentaje de la vivienda no es del 50% cada uno (porque uno aporta más que el otro).

Estamos casados en separación de bienes.

La pregunta es... Cuando nos vayan llegando las facturas del constructor, ¿es indiferente al nombre de quien vayan? ¿O debería el constructor emitir una factura por el valor de la vivienda que tenemos en propiedad cada uno?