Instalación Aire Acondicionado

Perdona, te estaba por contestar ayer, pero tuve un día con muchos compromisos laborales.
He leído tu pregunta, y claro, me falta información como para ver el tema a fondo, pero intentare orientarte. Lo de la viga, depende de varios factores, y normalmente, si no queda otra, se puede hacer, eso si, tiene por contra que genera una perdida de carga adicional, y de acuerdo al caso otras alteraciones, por lo que si se puede evitar, mejor. Una alternativa que se me ocurre y tendrías que analizar, como dices que tienes la cas dividida en 2, se pueden poner 2 unidades interiores de conductos, una que alimente cada zona, ambas conectadas a la misma unidad exterior.
No conozco la distriucion de la casa, pero si tienes la suerte de poder separar estas dos zonas, por el uso que le puedas dar, por ejemplo zona día, una unidad interior y zona noche, la otra unidad interior, por ejemplo, los dormitorios, tendrás la ventaja de poder bajar considerablemente la potencia de la unidad exterior, ya que de este modo, no tendrá la carga térmica de los 140m2, sino, la que sume la zona de mayor exigencia, y con el consiguiente ahorro energético. Ademas, al dividir, los conductos serán de menores dimensiones. La contra, es que el coste inicial puede ser algo mayor, no mucho, pero tranquilo que si puedes aplicar esta sugerencia, se te amortizara en poco tiempo.
La potencia a instalar depende de muchos factores, y lo que corresponde es hacer una balance térmico, pero para orienterte, puede tener aproximada unas 100 -120 kcal/h por m2 como valor mínimo.