Parcela rustica con casa

Una cosa es lo que diga la escritura y otra lo que diga el planeamiento, el que la escritura diga que es rústico no implica que el planeamiento no pueda haberlo clasificado como urbano. Deberías consultar el planeamiento que le afecta a esa parcela, en el ayuntamiento, simplemente consultándolo, si hay alguna duda pide una certificación urbanística (cuesta dinero y tarda alrededor de un mes)
Si el terreno es Urbano y la casa es acorde al planeamiento o deberías tener demasiados problemas.
Si el terreno es No Urbanizable, dependiendo de la antigüedad de la casa, es posible que esté fuera de ordenación y no puedas ampliarla ni modificarla (salvo labores de mantenimiento) a menos que tengas una licencia de explotación agropecuaria a la que puedas vincularla. Pero eso depende de la normativa de tu Comunidad autónoma.
Para otros casos (suelo protegido o especialmente protegido, urbanizable, área de reparto, PAU, etc.) hay otras consideraciones y la casuística es muy amplia, lo más habitual es que estés en uno de los dos casos anteriores.
Sobre los problemas futuros, si la casa se construyó legalmente en su día, lo peor que te puede pasar es que esté fuera de ordenación. Si no se construyó legalmente y no se inició expediente de sanción en 6 años en zona urbana no te la podrán tirar, si es en zona rústica si.
En resumen: consulta en el ayuntamiento como es el planeamiento que afecta a esa parcela, si lo que hay es acorde a la normativa y hay un expediente por esa obra no deberías tener problemas; y si no lo hay entras en otro campo (legalizaciones, prescripciones, expectativas futuras, etc.)