Seria interesante saber para que es el proyecto, hace rato que no trabajo con filtros, pero bueno, recordande la serie de fourier, lo que debes hacer es un buen filtrado precisamente a la frecuencia de la señal senoidal, que sea un buen filtro para tener la señal lo más redonda posible. Recuerda que la señal cuadrada esta modelada en la serie de fourier como una sumatoria de señales senoidales múltiplo de la frecuencia de la señal base. Haz una prueba sencilla haciendo algún filtro de 2do o 3er orden con opamps para ver que resultado tienes. Humildemente espero que te sirva este mensaje que te envío tal vez alguien te de algún circuito o información más detalla sobre el filtrado que debes hacer, pero si nadie te responde con todo gusto te ayudo a hacer un filtro que te sirva a tus necesidades. Pasala Excelente