La verdad que tu entrenamiento es bastante completo, 3 días de carrera y gimnasio mas lo del fin de semana esta muy muy bien.
Lo que me planteas es bastante complejo de responder, puesto que depende básicamente de tu objetivo.
Es decir, si lo que quieres es bajar tiempos en carrera, te diría que posiblemente obtengas mayores beneficios con la natación y aquafitness, puesto que aunque sea diferente a la carrera, trabaja aspectos cardiovasculares y de resistencia, además, al trabajar otros grupos musculares nos sirve también como ejercicio compensatorio.
También cabe decir que con un buen entrenamiento de 3-4 días por semana se puede obtener un muy buen rendimiento y tampoco seria necesario un suplemento en cuanto a entrenamiento.
Por otro lado, si enfocamos hacia la salud, el pilates es ideal, porque trabaja posturas, respiración y demás, tan importante y que a veces lo dejamos de lado. Ademas como has dicho te sirve para recuperar y volver a entrenar mas fuerte al día siguiente. Por lo que volviendo a lo anterior, si recuperas y vuelves a entrenar bien, te sirve para mejorar tu rendimiento en carrera.
Conclusión, desde mi punto de vista, si llevas mucho tiempo practicando pilates, puedes hacer una prueba con natación/aquafitness (en entrenamiento hay un principio, que se conoce como principio de la variedad y dice que cualquier nuevo estimulo es bueno, siempre que vaya en el mismo sentido). Si ves que te notas demasiado cansada, utiliza estas clases para recuperar, osea no metas mucha intensidad y si al tiempo ves que no te influye correctamente o como tu querrías siempre puedes volver al pilates, donde sus beneficios son muy conocidos.