Factura año 2004

Entiendo que el proveedor la debe haber contabilizado en fecha (2004).
En principio "deberias" hacer una declaración complementaria de iva e irpf incluyendo esos importes y hacer el oportuno ingreso a hacienda. Pero con esto tendrás algún recargo por presentación fuera de plazo.
Otra cosa es que lo hagas... a mi me paso una vez. Era una factura con fecha de verano del registro mercantil que también tiene IRPF y la puse en enero del ej siguiente. Liquide el iva y el irpf en el otro año y no paso nada (claro que no salia en el 347)
¡ PERO debes tener en cuenta la declaración del 347! Porque tu proveedor si que la va a declarar y tu no, y entonces no oscuadrarán los importes y es cuando puede haber problemas,,,,
Lo ideal seria que hablaras con el dep. de contabilidad y que os pongáis de acuerdo en el importe que vais a presentar al 347 (piensa que es una declaración meramente informativa) para que os coincida. Imagino que deberás ser tu quien lo añada al 2004 ya que no te saldrá registrado PERO para el ejercicio 2005 lo deberás DESCONTAR del saldo de ese proveedor para el 347 pues ya la incluiste en el ejercicio anterior.
Si en la empresa tienes una gestoría te recomiendo que les hagas la consulta a ellos para ver cómo lo puedes arreglar, para ver qué opciones te dan, ya que la mía es un poco chapucera pero al fin y al cabo es lo que se suele hacer para evitar pagarles intereses y sanciones a hacienda